Sinds 2002 stelt Waag Society tijdens de museumnacht begin november de deuren van de Waag open voor het publiek. Tijdens de museumnachten wordt een speciale installatie gemaakt in of rond de Waag.  

We geven hier een kort overzicht van wat er in de loop van de jaren werd georganiseerd.

2011
Tijdens deze museumnacht kon het publiek in het Theatrum Anatomicum een digitale meesterproef behalen in Augmented Anatomy. Op de eerste etage toonde het Fablab het moderne gilde, kon de game Wordfeud tegen de borduurmachine worden gespeeld en was het mogelijk met analoge middelen digitale muziek te produceren.

2010
De elfde museumnacht stond met de Waag Lab Experience in het teken van het experiment: prototypes als een 3D Twitter datavisualisatie, Green Screen en de colour-to-sound installatie en op de 2e verdieping het Theatrum Anatomicum in het donker.

2009
In 2009 werd op 7 november het Open Design Museum ingericht, waarbij de tentoongestelde designs konden worden hergebruikt en nagemaakt met behulp van de digitale machines van het Fablab.

2008
Tijdens de editie van 2008 kon er virtueel worden geopereerd in een 3D-omgeving (Vrest), werd er verteld over het Theatrum Anatomicum in de 17/18e eeuw door Reno Raaijmakers en werd er een glaasje 'Sterk Water' voor de dorstigen geserveerd aan de speciale bar.

2007
In 2007 was het parool: zelf DJ/VJ-en aan de ScratchWorx machine of een cocktailstamper ontwerpen in het Fablab. Wie het even niet zelf wilde doen, liet een drankje mixen door het team van NixMixMee.

2006 
Het Theatrum Anatomicum werd in 2006 gevuld door de wodka mixende robot en DJ-machine van Richard Trevors, de Coolingshow. Tegelijkertijd deed Radio Rietveld live verslag met interviews en reportages.

2005
Tijdens deze museumnacht werd het n8spel gespeeld, een speciaal spel met mobiele telefoons. Bedoeling van het spel was al lopend door de stad een 8 te tekenen op de kaart van Amsterdam. Naast het locatieve pel werden er andere computergames gespeeld in de Waag.

2004
In samenwerking met het Museum Vrolik presenteerde Waag Society in 2004 het Anatomisch Rariteitenkabinet. Bezoekers konden in het Theatrum Anatomicum hun anatomische rariteiten vastleggen en die laten opnemen in de rariteitengalerij. Ze konden ze ook uitprinten en ermee aan de slag gaan op de Animatietafel, een project van MIEG en Waag Society.

2003
In 2003 was er een bijzondere expositie in the Theatrum Anatomicum van affiches, toegangskaarten en andere objecten uit de dance scene in Amsterdam. 

2002
In dit jaar nam Waag Society voor het eerst deel. Bij binnenkomst op de eerste verdieping konden bezoekers in de beslotenheid van een kleedhokje een deel van hun eigen lichaam inscannen met de Scanbox. Met dit door Waag Society ontworpen apparaat kunnen scans met één druk op de knop worden gemaakt en opgeslagen. In het Theatrum Anatomicum troffen de bezoekers hun beeltenis in stukken aan, geprojecteerd in een installatie van Joep van Lieshout. Door op sensormatten aan weerszijden van de installatie te dansen, konden de bezoekers hun eigen beeltenis weer in elkaar 'puzzelen'. Overige projecties in de installatie refereerden aan de geschiedenis van het Theatrum.